El Instituto Austral de Enseñanza implementó el Nivel Secundario, siendo aprobado por el Ministerio de Educación en las orientaciones de: 

- Ciencias Naturales

- Economía y Administración.

   El Proyecto Institucional presenta espacios curriculares que apuntan a la Formación General de Fundamento o Contenidos Básicos, los espacios de Contenidos Orientados al perfil de la orientación elegida por los alumnos y los espacios de Definición Institucional.

    En la Orientación de Ciencias Naturales, se propone como eje de la enseñanza de las disciplinas que la componen, el análisis de situaciones problemáticas contextualizadas con el fin de argumentar cuestiones controversiales haciendo uso de sus conocimientos científicos, orientados a la construcción de un conocimiento significativo, que permitirá la toma de decisión autónoma y responsable como ciudadanos.

    Se propone la incorporación de espacios curriculares interdisciplinarios con propuestas de indagación que trasciendan el aula y el laboratorio como únicos escenarios posibles; el fortalecimiento del trabajo en equipo; el acercamiento al contexto real de la institución y la comunidad; y el análisis de problemáticas socio-científicas como posibles caminos de producción de conocimiento.

   En la Orientación de Economía y Administración se propone brindar a los estudiantes aprendizajes significativos a fin de prepararlos para que logren ejercer plenamente una ciudadanía responsable y participativa, que adquieran conocimientos y destrezas en la formación del saber sobre el trabajo y oficiar de propedéutico para la continuación de estudios superiores. 

  El desafío actual es que los estudiantes se apropien con sentido crítico de conocimientos, herramientas, metodologías, modelos y fundamentos sobre los que descansan los sistemas de producción y reproducción de la vida en sociedad, que puedan transferir a situaciones concretas para modificar y mejorar su propia calidad de vida, la de su familia y de su comunidad más cercana, reconociendo así sus propias posibilidades de intervención desde un punto de vista ético y eminentemente social; reflexionando sobre la dinámica organizacional y sobre su propia inserción laboral; participando en emprendimientos socio-productivos, adoptando un rol activo con criterios de responsabilidad social; integrando equipos de trabajo de carácter colaborativo; para comprender el conjunto de derechos y obligaciones relacionados con el mundo del trabajo.

    El egresado del Instituto Austral, según se registra en la trayectoria institucional, tiene un alto índice de inserción en el nivel de Educación Superior Universitaria, por ello el perfil del egresado y por lo tanto el proyecto curricular institucional atiende a una formación integral que fortalece positivamente al alumno.

    El proyecto educativo cuenta, además, con una propuesta de Talleres optativos de formación para la preparación de Olimpíadas del conocimiento, los cuales buscan complementar la formación integral.

     A partir del ciclo lectivo 2020, la realidad impuesta por la pandemia mundial y la emergencia sanitaria nos impulsó a utilizar de manera cotidiana la plataforma Moodle y videollamadas para compartir con los alumnos diversas propuestas pedagógicas y dar continuidad al dictado de clases por este medio,

     En el presente ciclo lectivo, (respetando la normativa emanada del Ministerio de Educación de la Provincia de Chubut, en consonancia con la elaborada por el Ministerio de Educación de la Nación) con el objetivo de promover un ordenamiento en las actividades inherentes al retorno en el marco de una presencialidad cuidada, como así también de organización escolar, está previsto que la misma sea en forma alternada con grupos reducidos, cuya cantidad de alumnos se establece en función a la disponibilidad y dimensiones de los espacios físicos áulicos y de esparcimiento, puertas de ingreso y salida, baños y personal, aspectos fundamentales para poder respetar el distanciamiento social y las pautas de salud e higiene requeridas.