En 1991 inicia el nivel primario: 1° a 4° grado con una matrícula de 42 alumnos, bajo la conducción de la docente Sra. Norma Fernández de Herrera.

De la misma forma que había sucedido con el nivel secundario, se crece gradualmente, hasta que en el año 1994 egresa la primera promoción del nivel primario.

A partir del 2008 en el marco de la Nueva Ley de Educación el Instiuto Austral implementa el Nivel de Educación Primaria de 1º a 6º grado.

La Dirección del ciclo junto con los Coordinadores de Área, acompañan al docente en la articulación de su trabajo aúlico en el proceso de aprendizaje transversal de los alumnos así como en los objetivos curriculares, de ciclo e institucionales. En este sentido, el trabajo del docente y de los alumnos en el aula está conectado con otros espacios curriculares que permiten, en el progresivo proceso de complejizar y profundizar, ser parte del proyecto educativo institucional.

La estructura curricular parte de propuestas que posibilitan un aprendizaje significativo. Así los alumnos se fortalecen en un conocimiento funcional, integrable, potencialmente significativo, internamente coherente. Se potencia desde esta propuesta el aprender a aprender, a transferir, a ser; buscando fortalecer la autonomía del alumno en su trayectoria educativa. La formación y los aprendizajes contribuyen al desarrollo y puesta en práctica de actitudes, valores, hábitos vinculados a la construcción de su proyecto de vida.

El proyecto educactivo cuenta, además, con una propuesta de Talleres optativos diagramados para el Nivel  que buscan fortalecer espacios de movilización y formación en campos del conocimiento en una oferta diversa de propuestas que, desde lo disciplinar a lo lúdico, buscan complementar su formación integral.

A partir del ciclo lectivo 2020, la realidad impuesta por la pandemia mundial y la emergencia sanitaria nos impulsó a utilizar de manera cotidiana la plataforma Moodle y videollamadas para compartir con los alumnos diversas propuestas pedagógicas y dar continuidad al dictado de clases por este medio,

En el presente ciclo lectivo, (respetando la normativa emanada del Ministerio de Educación de la Provincia de Chubut, en consonancia con la elaborada por el Ministerio de Educación de la Nación) con el objetivo de promover un ordenamiento en las actividades inherentes al retorno en el marco de una presencialidad cuidada, como así también de organización escolar, está previsto que la misma sea en forma alternada con grupos reducidos, cuya cantidad de alumnos se establece en función a la disponibilidad y dimensiones de los espacios físicos áulicos y de esparcimiento, puertas de ingreso y salida, baños y personal, aspectos fundamentales para poder respetar el distanciamiento social y las pautas de salud e higiene requeridas.